Начало (Из игры)
40-летний Эцио Аудиторе да Фиренце поднялся на вершины иерархии ордена Ассасинов. Отомстив убийцам отца и братьев, он покинул Рим и наслаждается жизнью на своей вилле. В 1499 году, когда Эцио после разговора с Минервой бежит из Рима вместе со своим дядей Марио Аудиторе. После, фамильная резиденция рода Аудиторе - Монтериджони осаждена наёмниками семьи Борджиа. Осаду проводит сын Родриго Чезаре Борджиа. В осаде, на глазах у Эцио, погибает его родной дядя Марио. После этого действие игры переносится в 1500 год, где Эцио вынужден организовать и начать развивать «подполье», когда начинает возрождаться орден, лидером которого формально был Николло Макиавелли, который после передаст титул Эцио. На протяжении игры Эцио пытается найти убийц своих родственников и отомстить им, а также вернуть Риму былой мир, порядок и процветание.
Сам же Эцио при помощи Бартоломео, Ла Вольпе и Клаудии узнаёт что Яблоко Эдема было передано на изучение учёному, Катерина Сфорца будет в замке Сант-Анджело на следующей неделе, а Чезаре в замке с Папой. Кроме того, Ла Вольпе сообщает, что Макиавелли — предатель и даже показывает его встречу с солдатами Борджиа. Но, доверяя Макиавелли, Эцио просит Ла Вольпе не делать поспешных выводов. После Эцио проникает в замок и спасает Катерину, но не успевает добраться до Чезаре. Наконец, Эцио решает воссоздать Братство Ассасинов. Тем же вечером с Эцио встречается Леонардо Да Винчи, после чего Леонардо заново создает утерянное вооружение Эцио. Оказалось, что ученым, которому передали яблоко, был сам Леонардо, но Родриго забрал его. Да Винчи также сообщает обо всех планах и его постройках для армии Чезаре, которые Эцио придется уничтожить.
С помощью сенатора, посещающего бордель Марии, Эцио узнаёт, где находится кардинал Хуан Борджиа, он же Банкир. С его смертью Чезаре лишается средств на войну. Затем Эцио и Бартоломео проникают в лагерь французов и убивают барона Де Валуа. Наконец, Эцио спасает жизнь актёру Пьетро, который в тайне от Чезаре встречается с Лукрецией. Разузнавший Чезаре приказал Микилетто отравить его, Эцио нейтрализует Микилетто, но не убивает его и спасает актёра, а взамен получает ключ от запасного входа в замок Сант-Анджело. Тем же вечером Эцио встречает вора с повязкой на правом глазу, того самого который участвовал во время битвы за Монтериджони. Выясняется, что предатель — он, а не Макиавелли. Эцио убивает предателя и находит Ла Вольпе, который уже почти собирается убить Макиавелли, и сообщает о том, что узнал, предоставив письмо, которое он взял у вора.
Попав в замок, Эцио решает убить Чезаре, но тот, узнав, что Родриго хотел отравить его, убивает его и при помощи пыток узнаёт местоположение Яблока от Лукреции. Лукреция, желая отомстить Чезаре, рассказывает Эцио, где Яблоко. Эцио опережает Чезаре, и найдя Яблоко, решает раз и на всегда покончить с Чезаре. Сначала он уничтожает все войска Чезаре в Риме, затем расстраивает встречу Чезаре с кардиналами, чтобы он не попросил у них помощи. Наконец, через год Эцио навсегда избавляется от Чезаре, когда его арестовывают солдаты под обвинением в предательстве и убийстве.
В 1506 году Чезаре сбежал из плена в Кастилии и в 1507 началась война в Виане. Пройдя поле битвы, Эцио побеждает Чезаре и сбрасывает с обрыва со словами: «Я передаю тебя в руки судьбы». После Эцио оставляет Яблоко Эдема под Колизеем в Риме.
После долгой борьбы с Чезаре Борджиа, Эцио наконец-то удаётся победить его и забрать Яблоко Эдема, которое он отнял у Марио Аудиторе, а уже через пару месяцев, Эцио принимает решающий бой с Чезаре в котором он одерживает победу над грзным тираном.

Продолжение (Ролевая 1505 год)
После того как Чезаре Борджиа был убит, его жена, Лукреция решила взять всё в свои руки она тайком забрала всю армию Чезаре, а после присоеденила к себе нового полководца Французкой армии, Бенезет де Валуа - брат Октавиана де Велуа. Его брат явился в Рим для захвата, но только уже для себя, а не для кого-то, но был очарован Лукрецией, а после того как Лукреция начала объединение Французкой армии с армией Борджиа, которой осталось мало, Бенезет начинает сопротивляться, но после, Лукрециа говорит, если они объединятся то они вместе захватят весь Рим.
Гильдия Ассасинов и Эцио ничего незнаю про это и пока они только начали свой "крестовый поход", так как в Рим приблежается большая армия под названием "Borgia - Eternal"